La Naturopatía tiene como objeto formal de estudio la salud en su dimensión natural, que es un fenómeno complejo y por tanto exige una metodología de estudio compleja y holística. Así pues podemos decir que la Naturopatía es una disciplina que tiene como objeto integrar todas las formas de abordaje y estudio de la salud en su vertiente natural.
Hoy en día si queremos distinguir claramente entre lo que es ciencia y lo que no lo es, tenemos que comenzar estableciendo unos criterios delimitativos los cuales se dan no por un mandato extrahistórico, sino por la comunidad científica que, a lo largo de la historia, ha ido estableciendo esta diferencia por consenso científico. Por esa necesidad se ha creado este agente gestor y mediador de la ciencia Naturopática, la ciencia necesita de la objetividad, al menos en grado suficiente, para que los resultados de la investigación científica sean independientes de quien la ha llevado a cabo.
La Naturopatía se encuentra en una etapa de fructífera sistematización científica; en un proceso de elaboración sistemática, dando cohesión a un conocimiento tradicional, sin olvidar los fundamentos filosóficos que la sustentan, el conocimiento científico de la Naturopatía no es resultado de la improvisación sino que se va construyendo con la aquiescencia de la comunidad Naturopática y es por ese motivo que se debe acabar con el intrusismo, marcar las pautas y planear el criterio a seguir. El intrusismo pseudocientífico en la Naturopatía es tan frecuente como perturbador.